抢跑疫情:二代技术缩短病毒基因测序时间

时间:2020-03-05 来源:www.hellosoco.com

本报记者严巧如报道:北京

武汉肺炎疫情继续蔓延,相关科研工作正在紧张进行。

2020年1月10日,上海公共卫生临床中心和公共卫生学院与华中科技大学武汉中心医院、武汉疾病控制与预防中心、国家传染病防治研究所、中国疾病控制与预防中心和澳大利亚悉尼大学合作,公开了2019年冠状病毒基因组。

根据数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的非典病毒基因组序列有80%的相似性,与2017年2月从家栖蝙蝠中采集的类非典冠状病毒分离株Bat-SL-COVZC45基因组序列有88%的相似性。2019-nCoV病毒株的基因组变异分析为追踪病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引起的疫情、治疗病毒性肺炎提供了重要的数据基础和决策支持。

1月11日,国家卫生委员会宣布武汉不明原因病毒性肺炎疫情受到社会各界的广泛关注。为了维护全球健康和安全,中国将与世界卫生组织分享在武汉不明原因病毒性肺炎病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息。

与2003年导致非典疫情的非典病毒相比,完成2019年冠状病毒基因测序所需的时间大大缩短。恒瑞园首席科学家周向军博士向记者《中国经营报》介绍,2003年,非典病毒基因测序采用第一代技术,2019年冠状病毒测序采用第二代技术下一代测序(NGS)。与第一代技术相比,第二代技术测序更快、更准确。

2002年12月,非典病例开始出现。2003年4月13日,加拿大的一个实验室第一个宣布了非典病毒序列的解码。2003年5月1日,美国杂志《科学》发表了两篇关于非典病毒基因组序列的研究论文。由美国和加拿大的研究人员组成的两个研究小组在他们的论文中证实,非典病毒是一种全新的冠状病毒。

相比之下,报道新型冠状病毒的流行只需要10天,基因组就被解码了。周向军说,病毒基因序列对于检测、快速诊断、疫苗开发和药物开发具有重要意义。

新型冠状病毒基因序列发布后,国内从事传染病检测的体外诊断公司迅速部署研发,几家公司相继宣布推出新型冠状病毒检测产品。

1月22日,国家卫生委员会办公厅和国家中医药管理局办公室联合发布《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第三版)》。对于病例的定义,诊断和治疗方案明确,同时符合流行病学病史(即在疾病发作前两周内有在武汉旅行或居住的病史;或在发病前14天内接触过来自武汉的有呼吸道症状的发热,或有聚集性发病)和发热的临床表现;它具有肺炎的影像学特征。在疾病的早期,白细胞计数正常或减少,或淋巴细胞计数减少,这可以判断为疑似病例。

在符合疑似病例标准的基础上,通过实时荧光逆转录聚合酶链反应对痰、咽拭子、下呼吸道分泌物和其他样品进行新冠状病毒核酸检测呈阳性。或者与已知新冠状病毒高度同源的病毒基因测序被判定为确诊病例。

北京一家治疗新发肺炎的定点医院的专家告诉记者,目前北京医疗机构对新发肺炎患者的诊断流程是,患者到医疗机构就诊后,医生根据上述诊疗方案判断患者是否为疑似病例。疑似病例分离后,患者的痰液、咽拭子、下呼吸道分泌物等标本送至各辖区疾病预防控制中心进行实时荧光逆转录聚合酶链反应检测,并经专家会诊

上述专家指出,春节期间,群众应该避免去电影院和其他人们聚集的地方,感染的风险非常高。目前,春节电影都被取消了。在此之前,春节电影的预售票房已经超过2亿元。从专家的角度来看,这种情况对新肺炎的预防和控制有很大的风险。